No sorteio realizado pela Confederação Brasileira de Futebol (CBF), foram conhecidos os confrontos da primeira fase da Copa do Brasil de 2016.
O Imperatriz, o segundo representante do Maranhão na competição deste ano, ficou no grupo 7 e enfrentará o Fortaleza na primeira fase. O jogo de ida, em função de que o Fortaleza é melhor colocado no ranking da CBF, será no Frei Epifânio, em data que ainda será definida pela entidade mor do futebol brasileiro. Consequentemente, a volta será no Castelão, também em data ainda a ser definida.
Essa é a primeira vez na história que Imperatriz e Fortaleza vão se enfrentar. O Cavalo de Aço vai participar da Copa do Brasil pela terceira vez. A primeira vez, como campeão maranhense, foi em 2006 e o Cavalo de Aço mediu forças com o Vitória-BA. Empatou no Frei Epifânio por 1 a 1 e foi goleado no Barradão, sendo eliminado. A segunda vez, como vice-campeão, em 2008, enfrentou o Sport Recife. Também empatou no Frei Epifânio e novamente foi goleado fora de casa, no caso na Ilha do Retiro, em Recife. Naquele ano, sob o comando do técnico Nelsinho Baptista, o Sport foi o grande campeão da competição.
A outra equipe de Imperatriz que participou da Copa do Brasil foi o JV Lideral, em 2010, quando enfrentou a Ponte Preta. O primeiro jogo, no Manoel Panelada, em Porto Franco, empate por 1 a 1. No Moisés Lucarelli, goleada da Macaca por 5 a 2.
O adversário do primeiro representante maranhense, o Sampaio Corrêa, é o Internacional-SC.